醫生一般會根據以下的因素決定肝癌的治療方案：
- 肝癌細胞的種類
- 腫瘤的大小、數目、位置、擴散程度
- 患者的年齡
- 健康狀況
- 患者可承受副作用的程度
由於部分肝癌源自肝炎和肝硬化，患者的肝功能往往因此被削弱，以致身體狀況未能承受一般癌症的常用療法，所以醫生多會使用特別的療法醫治肝癌。除手術切除、化學治療及放射治療外，近年發展迅速的免疫治療也是不少患者的選擇。
我們的免疫系統本可分辨出不正常的癌細胞，並將其消滅；但癌細胞阻礙免疫系統對細胞的辨認能力，讓癌細胞失控增生。免疫治療的原理是激發自身的免疫力，回復殲滅癌細胞的能力。
新近研發的PD-1抑制劑能使免疫細胞重新辨識並消滅癌細胞。免疫治療副作用相對溫和，常見的副作用包括疲倦、皮膚出疹及噁心嘔吐等；有少數會出現免疫系統引起的副作用，例如︰肝炎。如患者的情況許可，PD-1抑制劑更可與標靶藥物或另一免疫治療一同使用，以加強治療效果。